2010 年 University of Virginia 的 Andres F. Clarens 在 Environmental Science and Technology 期刊上發表了一篇文章：Environmental Life Cycle Comparison of Algae to Other Bioenergy Feedstocks。文中，作者比較了以不同作物作為生質能源原料對環境所產生的影響。在此比較中，生質能源原料涵蓋藻類、玉米、柳枝稷(Switchgrass)以及油菜(Canola)。文章中比較的項目包含：單位產量能源需求、用水量、淨二氧化碳排放量、單位產量土地需求以及優養化效應。 根據模擬的結果顯示：以藻類作為生質能源原料時，僅在單位產量土地需求及優養化效應比其他三種陸生作物佳 ; 然而，在能源需求、用水量、甚至淨二氧化碳排放量比較中，皆比其他作物高。因此可以得到以下結論：依目前藻類養殖技術，藻類作為生質能源原料之生產效益仍不及其他陸生作物 ; 作者指出，唯有將藻類培養與廢水處理相結合，才能得到正面的環境影響。
美國 Indiana 州的 Algaewheel 即為一家以養殖藻類處理廢水為目標的公司。他們獨特設計的輪狀反應器可以讓微生物生長於反應器內，微生物生長時可降低廢水中的懸浮固體 (TSS)以及生化需氧量 (BOD) ; 而藻類則附著生長於反應器表面，將廢水中的氮化合物吸收。因而，此反應器可取代傳統廢水處理程序中 的二級生物處理及三級除氮步驟。輪狀設計更可有效利用陽光，避免中午過強光源抑制藻類生長。並且，當藻類行光合作用時，產生的氧氣可供應微生物生長，減少 傳統二級處理中大量的曝氣能源消耗。當藻類生物膜生長到一定厚度時，會因輪轉動產生的剪力而自行脫落。因此，在後端沈澱池中可以輕易收集藻生物質，避免了 傳統藻類養殖中，收穫藻體時的能量輸入。然而收集到的藻體通常不是高含油量藻種（<20%），較不適於提鍊生質柴油 ; 其他可列入考慮的生質能源類型為甲烷（厭氧發酵）或粗油（熱化學轉換）。Algaewheel建造了一座處理周圍城市廢水的小型示範工廠，獲得大量數據以優化操作參數。經過了近年的操作，現在技術已趨近成熟，準備投入市場。
評論：
目前業界普遍認為依現今科技，以藻類作為生質能源作物仍無法獲利，因而朝向兩種不同方向發展。一種為開發藻類高價值產品，例如萃取 DHA 作為營養食品販賣; 另 一種方向為結合已存在設備，優化或改進傳統程序，進而創造價值。例如利用藻類處理火力發電廠排放之二氧化碳、或是改善廢水處理程序增加淨水效率並製造生質 能源提供額外能量。一般而言，廢水處理後之藻體可能含有重金屬，因此無法萃取油脂作為營養食品。另外，藻類處理廢水需要生長速度較快之藻種以提高潔淨效 率，然而，高生長速度之藻種通常含油量較低，不適合萃取油脂。未來若能開發藻類其他高價值產品或是篩選適當高含油量、高生長速度藻種，定可將藻類生質能源 商品化時間提前。
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